Οι μηχανισμοί που προκαλούν τα νοσήματα, χωρίς να είναι σε μεγάλο βαθμό ξεκάθαροι, περιλαμβάνουν έναν συνδιασμό γενετικών και περιβαλλοντολογικών παραγόντων. Ο στόχος στην ύπαρξη αυτοάνοσων νοσημάτων είναι να διατηρούνται σε μια κατάσταση ύφεσης. Η διατροφή είναι σημαντικός σύμμαχος για να επιτευχθεί η ύφεση. Επίσης η διατροφή μπορεί να λειτουργήσει προστατευτικά στην πρόληψη εκδήλωσης αυτοάνοσων νοσημάτων.